航空
马尼拉国际机场（Manila Ninoy Aquino International Airport）（NAIA）位于马尼拉市南郊，距市中心约10公里。 菲律宾航空公司和主要外国航空公司均提供菲律宾到世界主要国家、地区和城市的航线。中国南方航空公司每天有从北京和厦门前往马尼拉的航班以及隔天从广州飞往马尼拉的航班，菲律宾航空公司有隔天从北京和上海到马尼拉的航班以及每天从厦门飞往马尼拉的航班。在有联程机票的情况下，必须在飞机起飞之前72小时以电话通知航空公司，以确认搭机。国际机场离境税是P750，必须现金支付（比索或美元）。
马尼拉与菲律宾境内的宿雾和雷加斯比等城市也有航班，由于竞争激烈，票价较低，建议多询问几家航空公司。国内机场离境税是P200。
马尼拉国际机场分国内、国际和菲律宾航空专用三个候机楼，乘菲律宾航空公司之外的航班转机可以搭两个候机楼之间的免费巴士，约15分钟。
由机场到市区没有大巴士行驶，只有吉普尼的线路，但很容易迷路。所以由机场到市中心搭计程车是较省力和省心的办法，一般约需P150-300。大厅出口处旁有菲律宾政府观光局的机场服务中心，提供饭店预订服务。
注意：机场海关旁边的菲律宾中央银行24小时营业，提供兑币服务。最好用美元兑换当地货币。
铁路
以马尼拉为起点，菲律宾国营铁路分南北两条线路。北线延伸到圣费尔南多，可在中途换车去碧瑶。南线延伸至雷加斯比，中途可见马容火山。
不建议乘坐火车，因为火车速度慢，有时还比较危险。
水运
马尼拉的北港和南港均有很多渡船驶往菲律宾的主要岛屿，乘出租车过去分别需要P70和P50，但回来的时候司机通常不愿意打表。渡船的时间表一般在当天的英文报纸上有列出，Malate和Ermita两家旅行社可以出票。